1962年，国民经济逐步好转，为减轻各级供销社的负担，开展清仓查库，处理有问题商品。与此同时，为加强民主管理，市、县和基层供销合作社普遍召开了社员代表大会，民主选举理事会、监事会，恢复和建立符合合作社特点的规章制度，改善了服务，密切了同农民的联系。1964年7月，安徽省供销合作社召开全省第一届社员代表大会，选举产生省供销合作社理事会、监事会，选出了出席中华全国供销合作总社第二次社员代表大会的代表35人。
    1965年1月，为了加强商品的经营管理，省供销社农业生产资料供应处、农产品采购处、土产经营管理处、日用杂品经营管理处，分别改为安徽省农业生产资料公司、安徽省棉麻公司、安徽省土产杂品公司。根据“发展经济，保障供给”的财经工作总方针，各级供销合作社积极支持社队开展多种经营，发展副业生产。据1965年统计，全省有57个县(市)供销合作社设立副业生产指导机构，配备副业干部931个，抽调80人，建设了288个副业试点，培养典型。帮助社队调利供应柳、腊、苇种条(根) 235万公斤，棕、漆、果、桑、竹苗等1292万株，以及藕苗、菱种、黄花菜根、蓖麻种籽等，建立副业生产和原料基地84万亩；并与生产队签订推销产品的合同9700份，总值734多万元。投资83万元发展毛竹生产。随着农村经济的恢复和发展，供销合作社的购销业务日益扩大。1965年12月，国务院批转全国供销合作总社《关于改革供销合作社财务管理体制的报告》，规定:“各级供销合作社的资金，除股金外，全部转为国家资金，视同国家财政对供销社的拨款。”县以上供销合作社又由集体所有制改为全民所有制。