1942年5月，成立皖中行署。之后，合作社事业才有较大规模的发展。但早期的合作社，组织上不够健全。有的被农抗组织所替代。有的成为半权力机关，出现强制或干涉别人的经济生活，动员民夫无偿地为合作社运货物，经济分配上没有明确的规定，社员没有明确的经济权力和义务，没有直接为生产者和消费者谋利益等现象。1943年初，成立皖中行署财政处，内设“合作事业指导室”，指导室主任由财政处处长叶进明兼任。同年8月，颁发了《合作社登记暂行条例》《合作社组织章程》以及会计制度等，作为今后合作运动的指导方针。《合作社登记暂行条例》要点如下： (1)各合作社应以一定手续向行署或县政府或办事处登记备案。(2) 以法律保障扶助合作社。经许可登记备案之合作社，得免缴捐税及必要时有向政府请求贷款及享有各项规定之权利。(3)合作社以营业性质暂分三种，生产合作社——社员共同生产，如培种农作物、饲养家畜、办水利及垦荒等；运销合作社——运销社员的各种生产品；消费合作社——采购所需要之工具、 种子、肥料及其他日用品。有7人以上之社员即可成立生产合作社，有21人以上即可成立运销或消费合作社。股金每股至少10元，社员认购至少1股，至多不超过全部股金的10%。(4)盈余每半年分配一次，50%为红利，按股分给社员，30%为合作社公积金，10%为理事会及职员之酬金。(5) 社员有购买货场及出售生产品之优先权，如家庭穷困者经理事会同意，有向合作社赊欠与其所认股金同额数目货物之权利。
    《合作社登记暂行条例》颁布后，皖江抗日根据地合作社得到健康的发展。在临江地区、银屏地区，以及无为、湖东县等都陆续办起生产、消费和运销合作社。同时，在乡、保、镇分别成立合作社，每个区成立1个合作总社，由区“农抗会”领导。区合作总社与乡、保合作社都是独立的群众经济合作组织。但为了增进合作社业务，区合作总社指导督促乡、保合作社开展业务。