一方面，充实加强政府对合作事业的领导机构，以保证合作社有计划有组织地发展；另一方面，建立健全各级合作社的组织机构，以加强合作社系统内的组织领导。
    1935年至1937年期间，陕甘宁设立合作指导委员会和合作总社。此后，将合作指导委员会改为合作指导局，另在建设厅设合作科，具体负责合作指导事业。
    1939年10月，为加强经济建设，陕甘宁边区政府召开边区合作社第一次代表大会，经过民主选举成立了边区合作社联社，并通过了《边区合作社联合社章程》。各县合作社也都相继成立了联社，上下结合，使边区合作社成为一个有机整体。
    晋察冀边区政府一方面由边区行政委员会实业处和各专、县政府实业科设立合作指导机构或合作指导员，负责合作运动的组织宣传与推动；另一方面在各县建立合作指导委员会，负责宣传倡导及组织各种合作社，并领导县、区合作社联社。同时，强调合作社应建立自己的领导机构。1939 年，因合作社刚建立，组织机构不健全，加上合作人才缺乏，边区政府决定采取集体领导的方式。1941年8月，边区行政委员会针对当时出现的多头领导、各自为政、以群众团体领导合作社的现象，明确了3项原则：
    1）合作社是群众性的集体经济组织，而不属于群众团体，群众团体不能领导合作社。
    2）合作社不是政府机关的一部分。政府只能根据政策和法令领导合作社，但不能干涉其组织。如合作社理事会不好，只能由社员罢免，若犯法，则由政府依法处理。
    3）合作社建立自己的领导机关，其名称定为合作社联合会。联合会介于政府与群众之间，它不属政府，但受政府领导。联合会开会时，政府派人出席，根据政策法令进行指导，但不代替政府下命令。
    其他各抗日根据地民主政府，都设有指导合作事业的专门机构。1941年4月，山东省战时工作推行委员会《关于开展合作事业的指示》，要求各县各区均须设合作指导员，并强调健全合作社自身组织的重要性。

    边区合作人才奇缺，尤其合作指导人员、合作社经理和会计人员，远不能适应合作事业的发展需要。1939年10 月，边区合作社联社根据第一次代表大会决议，把培训合作社干部列为中心工作之一，开办正规的经常性的训练班。之后，还要求在职人员必须加强学习。1944年7月，中共中央西北局发出《关于贯彻合作社联席会议的决定》指出，党必须加强对合作社干部的教育和领导，同时强调一切在合作社工作的党员都要精通业务。
其他各边区也都举办各种专业训练班。山东省开办的合作训练班，一面讲授合作社的基本知识和有关政策，一面介绍成功典型，同时，还采取巡回教育与指导，训练“账先生”（会计）。晋冀鲁豫、晋察冀以及吕梁地区，还编写《合作手册》，作为干部学习和宣传之用。

    为推动合作事业的健康发展，各抗日根据地党和政府重视合作社法规制度的建设。1936 年，中华苏维埃中央政府西北办事处参照苏区合作社条例，制定颁发了《合作社发展大纲》。1939 年《中共中央财政经济部关于各抗日根据地合作社暂行条例示范草案》颁发，对根据地合作社的性质任务作了有别于苏区时期的若干重大原则修改，成为边区发展合作事业的重要指导性文件。各边区政府相应制定组织条例、实施细则和合作社章程等，对推动合作社运动的发展发挥了积极作用。
    1）从经济战线上贯彻团结抗日的基本方针。明确边区合作社的性质和宗旨是：充分组织和调动群众的经济力量，用群众经营的方式，以发展国民经济，改善人民生活，并组织与教育广大群众共同完成抗战建国之需要为目的。
    2）实行按股分红，但对入股数额有所限制。以避免有些商人借合作社名义，取得免税优待，欺骗群众，牟取暴利。
    3）根据战时环境确定合作社的业务种类。边区一般条例规定合作社的业务为消费、生产、信用、运输、运销等类，同时明确消费合作社必要及可能时，可附设生产、信用、运输等部门。于是，从发展消费合作社开始，普遍发展起来了“一揽子”综合性合作社。
    4）建立合作小组，加强民主管理。为保障社员民主管理的权利，边区政府颁发的合作社条例和章程，一方面规定社员有入社自愿，出社自由，和不论股金多少一律平等，都有选举、罢免、表决、提议等权；另一方面，根据战时社员不易集中的情况，确定以民主集中制的原则，社员按地区划分小组，按期开会讨论社务与业务，然后集中意见和要求，由定期召开的社员大会或代表大会讨论议决。合作小组的建立，既有利于发挥社员直接监督管理作用，调动社员的积极性，也便于社务、业务的执行。
    此外，边区政府还颁发了奖励合作社的有关规定。如1939年4月颁发的《晋察冀边区奖励合作社暂行条例》，规定对办理合作社取得成绩的，分等（四等）予以免税和降低贷款利息的奖励；同时，对办理不善的则规定“分别充实或解散之”。

    边区开展的合作社运动，继承和发扬苏区的经验，重视模范社的建立，以典型指导一般，收到显著效果。1942年，毛泽东在陕甘宁边区高级干部会议上总结和推广延安南区合作社的经验，对推动各边区合作社逐步走上正轨发挥了巨大作用。各县以南区合作社为榜样，努力创造新的模范合作社，一年时间里，就涌现出40个新的模范合作社。
    这些模范合作社的基本特点是：第一，有一个精明能干的合作社负责人，他们由群众选举产生，办事公道，有艰苦创业精神，且多数是在群众中有较高威信的劳动英雄和模范工作者。第二，坚持民办公助方针，面向群众，依靠群众，热心为群众服务。第三，一切从实际出发，不搞形式主义和教条主义。
    各边区在重视模范合作社建立的同时，对在合作运动中涌现的成绩卓著的劳动英雄大力进行表彰和奖励。1942年后，政府曾多次召开群英大会，对选拔出来的劳动英雄和模范工作者进行表彰、奖励，广泛宣传和推广，作为推动生产和各项经济事业深入发展的一项重要措施。